小麦到收获季节正赶上雨季，雨水过大导致麦粒发芽。
小麦发生穗上发芽的主要诱因是成熟期遇雨。影响小麦种子萌发的外界因素是水分、温度和氧气。5月下旬至6月上中旬气温在20~30℃，正好是小麦种子发芽最快的温度；此时已成熟但未及时收获的小麦籽粒暴露在空气中，氧含量很高，是种子萌发的又一个最适条件；如果再遇连续3天以上的阴雨天气，麦穗中的籽粒吸水达到种子质量40%~60%，穗上发芽就会发生。
小麦休眠期短的品种，在成熟期遇连阴雨，容易出现穗发芽现象。
成熟中后期雨水偏多，湿度大，产生穗上芽，影响小麦品质。