病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。
初期叶片萎蔫，次晨恢复，反复数日，叶片全部萎蔫，甚至出现死亡。
辣椒根腐病危害症状有茎变褐色水渍斑逐渐腐烂等。
主要为害甜、辣椒茎基部及维管束，病株部分枝和叶片变黄萎蔫，茎内维管束褐变，湿度大或生育后期茎基部或根茎部腐烂，有时可见粉红色菌丝及点状粘质物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。此外，木贼镰刀菌等侵染幼苗的根茎部时，也可引起种子腐烂或幼苗猝倒；串珠镰刀菌侵染后种子发芽率下降40%左右，或形成不正常幼苗，如子叶和种皮被菌丝包被，使种皮无法脱落，子叶不能伸展。
辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初始,病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫,傍晚至次日早晨恢复;发病中期,病株初期症状反复2-4天后,顶部叶片无法恢复,萎蔫症状向中下部扩散,浇水也无法减轻症状,再经2-3天,全株叶片全部娄蔫,但叶片仍呈绿色。发病后期,病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂,极易剥离,露出木质部,可见维管束变褐色;潮湿时可见病部长出白色至粉红色黏质物,即病菌的分生孢子梗及分生孢子。
辣椒根腐病，是指辣椒在生长的过程中，发生在辣椒茎基部的一种，以辣椒茎基部或根茎部腐烂为常见的病症表现，起初早晚还可恢复，随后缢缩、腐烂，皮层易剥离露出暗色木质部，最后病株多枯死。