开花至幼果期喷药，可选用50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液，或72.2%普力克水剂600倍液，隔10天喷1次，连续2～3次。
辣椒褐腐病属于真菌性病害，用烯唑醇等药剂防治。
辣椒褐腐病防治方法：与瓜类作物实行3年以上轮作。坐果后及时摘除残花病果，集中深埋或烧毁。采用高畦栽培，合理密植，注意通风，雨后及时排水，严禁大小漫灌。发病初期，可采用以下杀菌剂或配方进行防治：70％甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液＋75％百菌清可湿性粉剂600～800倍液；50％嘧菌酯水分散粒剂4000～6000倍液；对水喷雾，视病情隔7—10天1次。
①实行轮作，结合深耕；高垄种植，合理密植，注意通风，雨后注意排水；坐果后及时摘除残花病果，集中深埋或烧毁；及时追肥，注意氮、磷、钾肥的合理搭配，增强树势。②发病初期，可选用下列药剂防治：甲基硫菌灵；百菌清，或苯醚甲环唑。
选择抗病品种，轮作倒茬，加强田间管理，生物防治。