柑橘炭疽病的病原是一种真菌，通常在春梢生长期开始发病，夏、秋梢期发病较多，在高温多雨季节最容易发生。该病以菌丝体或分生孢子在病部越冬，借风雨和昆虫传播。翌年春季遇高温多雨，新生的幼嫩枝梢、嫩叶、幼果发病严重。夏、秋梢成叶发病较多。树势衰弱或冬季受冻害的枝条，有伤口和过熟的果实，均易感病。
树势健壮的发病轻，树势衰弱的发病重；土壤结构差、有机质含量低、地下水位高、排灌条件差的果园发病较重。其实，那些外表完全无症状，生长浓绿的叶片、幼果的组织内都可能已潜伏着病菌。炭疽病是否发生决定于外界的环境条件和树体本身的抗病能力。在管理条件好，树势健壮的情况下，处于潜伏状态的炭疽病菌不易繁殖扩展，病害就不会出现。若遇上自然灾害或管理上某一个环节影响树体的抵抗力下降，潜伏的病菌就会大量繁殖、蔓延，在短时间就会造成病害大面积发生。这是急性炭疽病发生的主要原因。
高温多湿的气候有利田间发病。冷害、水旱灾害、缺肥及虫害严重都使植株抗病性降低而使炭疽病增加。乙烯催熟过程中使用的浓度过大，也会造成发病。
