水稻恶苗病病原是带菌种子和病稻草的初侵染源。在浸种时，带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染，引起苗枯，死亡后产生分生孢子传播到健康苗上，引起再次侵染，在定植后可扩展到整株，造成秕谷或畸形，在颖片合缝处产生淡红色粉霉。
1、严格把好种子消毒处理关。可用50%甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液浸种2-3天，每天翻种子2-3次，或用35%恶霉灵胶悬剂200-250倍液浸种3-5天，早晚各搅拌一次，浸种后带药直播或催芽，或用25%咪鲜胺乳油3000倍液浸种72小时。2、喷雾防治。发病初期用50%灭菌威水溶性粉剂1000倍液喷雾。