一般膨瓜期易发此病，发病初期果实脐部呈水浸状暗绿色或深绿色，后变为暗褐色，病部瓜皮失水，病部中央扁平或呈凹陷状。有时出现同心轮纹，果肉一般不腐烂。病斑圆形或呈边缘平滑的不规则状，空气潮湿时病部因真菌滋生产生黑色霉层。
西瓜脐腐病一般在果实顶部(脐部)最初呈水浸状，暗绿色或深灰色，随病情发展很快变为暗褐色，果肉失水，顶部呈扁平或凹陷状，一般不腐烂，空气潮湿时病果常被某些真菌所腐生。土壤含盐量少，酸化，土壤供钙不足、水分供应失调易发病。
西瓜脐腐病在幼瓜膨大期容易发病，有时也会在果肉将要变红时发病，开始果实脐部呈水浸状暗绿色或深灰色，随病情发展很快变为暗褐色，病部瓜皮失水，顶部呈扁平或凹陷状，病斑有时有同心轮纹，果皮和果肉柔韧，一般不腐烂。病斑多为圆形，有时会因果实形状不正使病斑呈边缘平滑的不规则形，空气潮湿时病瓜常被某些真菌所腐生，会出现黑色霉层。
1.果实顶部在脐腐病初期呈现水渍状，颜色为暗绿色或深灰色；2.果实顶部在脐腐病中后期，随着病害的发展，颜色会慢慢变为暗褐色，西瓜果肉失水，顶部呈现扁平或凹陷状；3.西瓜脐腐病不会导致西瓜腐烂，在潮湿的生长环境中，西瓜病果会被某些真菌所腐生。