土壤缺磷钾锌等营养元素，或营养失衡影响了稻株对磷钾锌的有效吸收。2排灌不畅通气不良的稻田施用了未充分腐熟的有机肥，土壤中产生硫化氢、有机酸、二氧化碳、沼气等有毒物质使根系中毒，吸收能力降低。3返青分蘖初期遇到极端性的低温气候，水稻根系发育不良吸肥能力差。
缺钾型和缺磷型是生理性的。稻株缺钾，分蘖盛期表现严重，当钾氮比(K#O/N)降到0.5以下时，叶片出现赤褐色斑点。多发生于土层浅的沙土、红黄壤及漏水田，分蘖时气温低时也影响钾素吸收，造成缺钾型赤枯。缺磷型赤枯生产上红黄壤冷水田，一般缺磷，低温时间长，影响根系吸收，发病严重。中毒型赤枯主要发生在长期浸水，泥层厚，土壤通透性差的水田，如绿肥过量，施用未腐熟有机肥，插秧期气温低，有机质分解慢，以后气温升高，土壤中缺氧，有机质分解产生大量硫化氢、有机酸、二氧化碳、沼气等有毒物质，使苗根扎不稳，随着泥土沉实，稻苗发根分蘖困难，加剧中毒程度。
水稻赤枯病发生的原因较多，一般是冷侵、中毒等！
水稻缺磷、缺钾会发生赤枯病，土壤温度低，抑制水稻对磷钾的吸收。
水稻田赤枯分生理性赤枯与侵染性赤枯，需要对症下药。
水稻赤枯病属生理性病害，发病原因有：1.缺乏磷钾的缺素型，2.稻田酸性过重，3.冷浸水田。