菌核不规则形，鼠粪状，表面黑色，内部粉红色，全部由菌丝组成，外表无绒毛，萌发时先产生针状肉质的子囊盘柄，其后柄的顶端膨大并逐渐形成子囊盘。每个菌核萌发产生子囊盘的数目因不同菌系、菌核大小及萌发条件的不同而异，大多为1-4个，少数可多达10个以上。子囊盘肉质，浅肉色至褐色，初呈杯状，展开后呈盘状，表面为由子囊和侧丝所构成的子实层。子囊棍棒状或圆柱形，顶部纯圆，无囊盖，无色，内生8个子囊孢子。子囊孢子单胞，无色，椭圆形，具2个核，萌发时产生芽管，长成菌丝。菌核有时也可萌发直接产生菌丝。菌丝白色，丝状，有分枝，具隔膜。
油菜菌核病呈鼠粪状，表面黑色，闪吴粉红色。
油菜菌核病的形状初期叶片背面有水浸状小点，逐步扩展使叶片变为灰竭色大斑，并有竭色小颗粒。
油菜菌核病的形态特征是，菌核不规则形，鼠粪状，表面黑色，内部粉红色，全部由菌丝组成，外表无绒毛，萌发时先产生针状肉质的子囊盘柄，其后柄的顶端膨大并逐渐形成子囊盘。
整个生育期均可发病，结实期发生最重。茎、叶、花、角果均可受害，茎部受害最重。茎部染病初现浅褐色水渍状病斑，后发展为具轮纹状的长条斑，边缘褐色，湿度大时表生棉絮状白色菌丝，偶见黑色菌核，病茎内髓部烂成空腔，内生很多黑色鼠粪状菌核。病茎表皮开裂后，露出麻丝状纤维，茎易折断，致病部以上茎枝萎蔫枯死。叶片染病初呈不规则水浸状，后形成近圆形至不规则形病斑，病斑中央黄褐色，外围暗青色，周缘浅黄色，病斑上有时轮纹明显，湿度大时长出白色绵毛状菌丝，病叶易穿孔。花瓣染病初呈水浸状，渐变为苍白色，后腐烂。角果染病初现水渍状褐色病斑，后变灰白色，种子瘪瘦，无光泽。