黑腐病棉花根部表皮呈黑色，略有凸起，无新根长出，植株矮小、叶片软绵、生长缓慢，高温下易死亡，死亡后植株呈黑枯形，直立不倒，发病区呈块状。雨后积水时间长，地势低洼，盐碱偏重或施氮肥量大的地块，中耕不及时，前茬种过甘薯、甜菜、大白菜、甘蓝、萝卜地块易发此病。
一是选育抗病能力强的品种。二是采取轮作措施。三是加强田间管理。
苗期、成株期均可发病。苗期染病根系表皮、皮层受侵染后变褐，常延至下胚轴，根茎部肿胀，茎秆弯曲，植株矮小，茎部的病斑扩展后致表皮开裂。
主要为害叶片。病斑从下部叶片逐渐扩展至上部叶片。叶片表面有部分黄变，其背面出现灰白色轮廓不分明的病斑，密生灰白色霉层。不久之后，叶表面也生成霉层，最后，叶片卷曲干枯，导致坐果不良，果实生长不良，早期着色。温室、大棚栽培时常发病。在拱棚栽培中，主要发生在覆盖过程中，但湿度大时，去掉塑料薄膜之后也仍继续蔓延。
苗期、成株期均可发病。苗期染病根系表皮、皮层受侵染后变褐，常延至下胚轴，根茎部肿胀，茎秆弯曲，植株矮小，茎部的病斑扩展后致表皮开裂，现长条形或梭形浅绿色病斑，后变成暗紫色至黑色，病株很易拔出，但维管束不变色。成株染病顶叶下垂，叶色淡，叶凋萎但不脱落，根茎基部膨大，根茎腐烂，茎秆弯曲，中柱变为褐色至黑紫色，结铃少或不结铃。有的突然失水萎蔫。最后植株干枯死亡。