在不同的生长发育阶段，黑木耳对水分的要求不同的。菌丝生长要求段木含水量为35%-40%，代料栽培的培养料含水量55%-60%，菌丝生长阶段空气相对湿度保持在70%左右，子实体形成阶段需要较高的水分，空气相对湿度以90%-95%为宜，低于80%时生长迟缓。
在木耳每个生长阶段都有着不同的水分要求。在菌丝生长的时候，段木的含水量要保持在38%左右，培养料的含水量则要保持在58%。空气湿度也不得低于70%。到了子实体形成期的时候，对水分的要求更高，空气湿度要增加到92%，低于80%的时候会严重影响子实体生长。