稻曲病发生的主要时期是在孕穗期至齐穗期，症状显现则是在灌浆成熟期。防治稻曲病的根本措施是培育抗病品种，但目前尚未发现抗病基因。因此，对该病的防治仍然以农艺措施和药剂防治为主。包括：（1）建立无病留种田，防止稻曲病病原菌远距离传播和扩散。（2）在水稻拔节期至齐穗期少施氮肥，多施磷、钾肥，以减轻稻曲病的发生程度。（3）根据稻曲病发生的特点，在水稻孕穗末期和齐穗期各施一次药，防治效果可达到85%以上。防治稻曲病的药剂有：25%三苯醋锡可湿性粉剂，5%络氨铜水剂，77%护丰安（氢氧化铜）可湿性粉剂和稻丰灵等。
水稻稻曲病是典型的气候型病害，从抽穗后到成熟期均可发生。