1、选用抗病品种。选用龙甜1号等抗蔓枯病的品种，此外还可选用伊丽莎白、新蜜杂等早熟品种。2、农业措施。实行2-3年轮作。采用高畦或起垄种植，严禁大水漫灌，防止该病在田间传播蔓延。合理密植，采用搭架法栽培，此法可改变瓜田生态条件，减少蔓枯病的发生。及时整枝、打权，发现病株及时拔除携至田外集中深埋或烧毁。底肥要施用腐熟的农家肥，科学追肥，严禁偏施氮肥，复合肥。3、轮作：与禾本科作物实行3～5年的轮作，或进行水旱轮作。4、选育：无病种子或进行种子处理。用55℃温水浸种15分钟，冷却后催芽播种。5、田间清洁：及时田间病残体带出集中烧毁。
甜瓜蔓苦病的防治方法是选种抗病品种，合理的轮作倒茬，加强水分管理。