在辣椒的生产过程中，几乎每个阶段都会遭到病虫侵害。辣椒常见的病害主要有病毒病、疫病、灰霉病、青枯病、绵腐病、褐斑病、叶枯病、炭疽病、白粉病、白星病、黑斑病、早疫病、根腐病、枯萎病、黄萎病、菌核病、疮痂病、细菌性斑点病、软腐病、日灼病、脐腐病等。虫害主要有棉铃虫、烟青虫、桃蛀螟、玉米螟、枯叶夜蛾、跳虫、星雪灯蛾、茄黄斑螟、28星瓢虫、温室白粉虱、烟粉虱、桃蚜、茄无网蚜、二斑叶螨、神泽叶螨、茶黄螨、银叶粉虱、蓟马、叶喙缘蝽、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾等。疫病分布广泛，需要及时喷洒多菌灵溶液。遭受灰霉病时，需将受损的叶片及时摘除，喷洒土霉菌溶液。炭疽病会造成果实掉落，需喷洒多保净溶液。根腐病会导致辣椒根部腐烂，每次浇水要浇透，避免积水。
