小麦茎基腐病的发生原因是田间湿度大、种植密度大、田间病原菌多。
1.常年种植小麦，采用秸秆还田土壤残留大量的病原菌;。2.冬小麦播种过早或者密度过大，加上气温较高、雨水较多，冬小麦出现旺长，抗病能力不足;。3.返青拔节期气温骤降，小麦遭遇冻害，为病原菌的浸染提供了有利的条件。
造成小麦茎基腐病频发的原因重茬，氮肥过量。主要原因是缺乏抗病品种，长年连作等。一是秸秆还田造成大量病残体遗留土壤中，二是长期施用单一品种肥料，三是整地质量差，三是大水漫灌。
麦田群体过大，田间湿度大，病原菌多等因素导致小麦茎基腐病发生。
田间湿度大，病原菌多，种植密度大是发病的主要原因。