果实在生长初期由于苹果植株有较强的抵抗能力，发病较少，随着果实的生长，进入膨大期后，病菌便容易侵入。在枝干上发病以皮孔为中心病斑整体呈褐色或暗褐色、圆形，初期症状表现为小溃疡斑，稍隆起呈疣状，病斑发展速度较快，并前后传染，逐渐发展较为密集，后期随着病状不断加深，溃疡部位脱水。
枝干发病，以皮孔为中心形成暗褐色、水渍状或小溃疡斑，稍隆起呈疣状，圆形。后失水凹陷，边缘开裂翘起，扁圆形，直径达1厘米左右，青灰色。多个病斑密集，形成主干大枝树皮粗糙，故称“粗皮病”。斑上有稀疏小黑点。果实受害初以果点为中心出现浅褐色的圆形斑，后变褐扩大，呈深浅相间的同心轮纹状病斑，其外缘有明显的淡色水渍圈，界线不清晰。病斑扩展引起果实腐烂。烂果有酸腐气味，有时渗出褐色粘液。
苹果轮纹病危害枝干和果实。枝干受害，以皮孔为圆心，形成扁圆形或椭圆形红褐色病斑，病斑质地坚硬，中心突起，病斑边缘发生龟裂，而后病组织翘起如马鞍状，使枝干表面显得十分粗糙，故有粗皮病之称。果实受害时是以皮孔为中心，生成水渍状褐色小斑点，病斑逐渐扩大呈黑褐色，形成同心轮纹状，果实染病3～5天后，从病部流出茶褐色的腐汁。