发生在立针到2叶期，病苗心叶枯黄，基部变褐变软，根坏死，茎基腐烂易断，秧田中成片发生。
水稻立枯病是水稻旱育秧最主要的病害之一，其发病的主要原因是气温过低、温差过大、土壤偏碱、光照不足秧苗细弱、种量过大等因素，田间症状主要表现为出苗后秧苗枯萎，容易拔断，茎基部腐烂，有烂梨味，发病较重的整片死亡，病株基部多长有赤色霉状物。
水稻立枯病基腐型发病症状：稻播种后出苗前即可染病，受害种芽或根变褐、扭曲、腐烂。水稻出苗后的2、3叶期，病苗根色暗白，逐渐变黄褐色坏死；苗茎基部变褐、软化、腐烂，以后心叶变黄卷缩，叶鞘上有褐色斑，进而全株青枯或变黄褐色枯死。病秧茎基部常长出白色或粉红色霉层，病苗拔之易断。
出苗前或刚出土时发生，幼苗的幼芽或幼根变褐色，病芽扭曲、腐烂而死。在种子或芽基部生有霉层。