苹果褐腐病防治方法：1、及时树上树下的病果、落果和僵果，秋末或早春施行果园深翻，掩埋落地病果等措施。2、搞好果园的排灌系统，防止水份供应失调而造成严重裂果。3、生长期注意防治害虫，采收、运输和贮藏时，应尽量减少伤口，以防止病菌侵染。4、药剂处理：在北方果区，中熟品种在7月下旬及8月中旬、晚熟品种在9月七旬和9月下旬各喷l次药，较有效的药剂有：70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800-1000倍液。
一是彻底清园，消灭越冬病源，二是加强栽培管理，增施有机肥，增施生物菌肥，配方全营养施肥，增强树势，增强果树抗病抗逆能力。三是在发病初期用腈菌唑或者是噻唑锌兑水喷雾防治。
苹果褐腐病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。