预防为主，坚持农业防治与化学防治方法相结合。
选种抗病品种，做好种子消毒处理，合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，初发生时用菌核净、腐霉利、百菌清、清菌唑农药田间交替喷雾防治。
油菜菌核病科学防治防治：1、因地制宜选用抗、耐病品种。2、轮作倒茬。实行稻油轮作或旱地油菜与禾本科作物进行两年以上轮作可减少菌源。3、加强田间管理。多雨地区推行窄厢深沟栽培法，利于春季沥水防渍，雨后及时排水，防止湿气滞留;适时换茬移栽，做到合理密植;科学施肥，提倡施用酵菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，避免偏施氮肥，配施磷、钾肥及硼锰等微量元素，防止开花结荚期徒长、倒伏或脱肥早衰;及时中耕或清沟培土;盛花期及时摘除黄叶、老叶，防止病菌蔓延，改善株间通风透光条件，减轻发病。4、种子处理。播种前进行种子处理，用10%盐水选种，汰除浮起来的病种子及小菌核，选好的种子晾干后播种。