矮缩、花叶、黄枯为本病主要特征。形似缺氮、缺钾或烤田过度的落黄状。苗期发病，从顶叶及其下一叶的叶尖往下发黄。病株显著矮缩，不分蘖，根系老朽，短小；病叶平展，甚至下垂；多末穗即先枯，既使抽穗，多半包或全包在叶鞘内，结实差。孕穗期发病，仅剑叶有症状，穗形小，结实差。各品种问症状略有差异，矮秆籼稻品种大多金黄色，条状花叶不甚明显。
水稻黄矮病由黑尾叶蝉、二点黑尾叶蝉和二条黑尾叶蝉传播。能连续传毒，终身保毒，不经卵传毒。病毒主要保存于虫体内越冬，次年再传染。水稻在苗期和返青分蘖期易感病，一般早稻发病轻，而晚稻受害重。