棉籽受害，造成烂种和烂芽；幼苗茎基部受害，出现黄褐色。水渍状病斑，并渐扩展围绕嫩茎，病部缢缩变细，黑褐色、湿腐状，病苗倒伏枯死。子叶受害，多在中部发生不规则形黄褐色病斑，易破裂脱落成穿孔。
幼苗出土前造成烂子和烂芽。幼苗出土以后，则在幼茎基部靠近地面处发生褐色凹陷的病斑；继则向四周发展，颜色逐渐变成黑褐色；直到病斑扩大缢缩，切断了水分、养分供应，造成子叶垂萎，最终幼苗枯倒。发病棉苗一般在子叶上没有斑点，但有时也会在子叶中部形成不规则的棕色斑点，以后病斑破裂而穿孔。病原菌由菌丝体繁殖，菌丝体在生长初期没有颜色，后期呈黄褐色，多隔膜，这是立枯病菌最易识别的特征。发病规律以低温多雨适合发病，立枯病菌侵入棉苗最适土温为17～23℃，23℃以上其致病力逐渐下降，至34℃棉苗即不受侵害，湿度越大发病越重。
发生立枯病后,并不见棉花马上倒下,有时会在子叶中部形成不规则的棕色斑点,以后病斑破裂而穿孔。发生立枯病后,茎部发生枯萎,棉叶“无神”。幼苗时期容易出现烂种、烂芽的情况。幼苗由黄至枯死。
棉花立枯病发病症状有苗期：青枯型、黄化型、黄色网纹型、皱缩型、红叶型等。蕾期有皱缩型、半边黄化型、枯斑型、顶枯型、光杆型等。