玉米丝黑穗病在雌、雄穗抽出后表现典型症状：发病早的植株，果穗和雄穗均受害，开花仍正常。病株果穗抽出较晚，甚至不能抽出（不育），抽出的病果穗较健穗短，基部膨大，顶端尖，手捏有基部硬而顶部膨空之感，不抽花丝，整个果穗变成病瘿(厚垣孢子团），后期苞叶张开，内部充满黑粉，黑粉散落后，残留丝状的寄主维管束组织，似乱发状。
玉米丝黑穗病的典型病症是雄性花器变形，雄花基部膨大，内为一包黑粉，不能形成雄穗。雌穗受害果穗变短，基部粗大，除苞叶外，整个果穗为一包黑粉和散乱的丝状物，严重影响玉米产量。
症状表现主要在抽雄后。玉米丝黑穗病主要危害玉米的果穗和雌花，一旦发病，通常全株颗粒无收。