种子处理：播种前用50%多福合剂500倍液浸种48小时。也可用种子重量0.2%的50%多菌灵可湿性粉剂，或40%福美·拌种灵可湿性粉剂，或25%三c酮可湿性粉剂，或15%三c醇可湿性粉剂拌种。农业防治：选用抗病品种。实行2年以上轮作。选用无病种子。春麦适时早播，施足基肥，增施磷、钾肥。麦收后深耕灭茬，清除病残体，消灭自生麦苗。化学防治：重病区，可在小麦分蘖前期喷施70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液，或75%百菌清可湿性粉剂800倍液，或25%苯菌灵乳油800倍液，或25%丙环唑乳油2000倍液。每隔15-20天喷一次，连续1-3次。
小麦颖枯病应该用预防和适时的农药防治来进行综合防治。