温度在15-28℃，相对湿度在75%以上，有利于病菌的侵染和流行；玉米灌浆成熟阶段遇到连续阴雨天气，发生严重；高温多雨以及玉米虫害发生偏重的年份，玉米穗腐病发生较重。
引起玉米穗腐病的20多种霉菌会附着在玉米的种子、根茬、茎秆、穗轴等病残体上，在经过冬季以后，第二年，一遇阴雨潮湿的环境条件，病菌的子囊孢子就会很快生长成熟，遇风飞散，飘落在玉米的花丝上，引起病害，特别是进入夏季，多雨潮湿，温度在25℃以上，湿度达80%的条件正适合病菌的生长和流行，穗腐病往往伴随着虫害的发生而同时发生。
如果是种植密度过大，水份含量过高，通风差，形成高温多湿密度大的情况下，易流行。