水稻稻曲病可以加强肥水，病虫害管理，药剂进行防治。
预防为主，综合防治，抽穗前一周用戊唑醇喷雾防治。
氟环唑与苯甲·丙环唑均为唑类杀菌剂,适期施用对水稻稻曲病均有较好防效,氟环唑的防效略优于苯甲·丙环唑。
水稻稻曲病的防治可用咪鲜胺，苯醚甲环唑，醚菌脂等内吸性杀菌剂。
生稻曲病之后，需要及时的进行防治，可以使用咪鲜胺核吡唑醚菌酯，这种药物对于这种病害有很好的治疗效果。想要更好的起到治疗效果，在水稻破口之前的5-7天左右使用药物，效果会更佳，如果说用药时间太早，或者是用药太晚的话，防治效果就会发生明显的下降。
戊唑醇、丙环唑、井岗腊芽菌、井岗霉素、氟环唑。