水稻纹枯病的防治应采用以农业防治为主的策略，结合及时有效的药剂防治。首先，选用抗病水稻品种，加强田间水浆管理，控氮增磷钾。在发病初期进行第一次用药，之后每隔10天左右再喷一次，具体根据天气及病情发展趋势而定。药剂可选用15%井岗霉素A可溶性粉剂70克，或6%井网·蛇床素可湿性粉剂80克，或20%井网·蜡芽菌悬浮剂100克，根据水稻不同生育期对水40~50千克喷雾。对于发病严重地块，每666.7平方米可选择240克/升噻呋酰胺悬浮剂20毫升喷雾防治。
农业防治方面，打捞菌核并带出田外深埋，减少菌源。施足基肥，早施追肥，不可偏施、迟施氮肥，增施磷钾肥，采用配方施肥技术，使水稻前期不披叶，中期不徒长，后期不贪青。井冈霉素与枯草芽孢杆菌或蜡质芽孢杆菌的复配剂如纹曲宁等药剂，持效期比井冈霉素长，可以选用。
在发病初期，每亩地用10%己唑醇40毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水20到30公斤喷洒，防治效果明显。发病中后期，用10%己唑醇55毫升、营养叶面肥粒粒宝30毫升，兑水30-40公斤，选在早晨露水未干时喷洒，能起到很好的防治作用。