黑潜蝇主要寄生在大豆的秆子上，发病的高峰期为6月上旬至7月上旬降雨量大于40毫米时，需要在大豆花期开始防治成虫和初孵幼虫，一般用50%杀螟松、75%辛硫磷乳油1000倍液进行喷雾。
注意田间排涝控湿，在发病初期用恶霉灵或敌克松兑浇根。
病发初期的时候，使用40%根腐宁1000倍液，或70%甲基托布津+40%乙磷铝1000倍液进行灌根，每株的用药量为100g。
防治根腐病危害，主要是播种前做好药物拌种处理。
使用40%根腐宁1000倍液，或70%甲基托布津+40%乙磷铝1000倍液进行灌根，每株的用药量为100g。
对秸秆进行有效处理丶重视土壤翻耕丶适期播种丶选用优质玉米品种丶采用化学防治方法。