水稻纹枯病属于真菌性病害，病菌分有性态和无性态。有性态称瓜亡革菌，属担子菌亚门真菌，自然条件下很少发现；无性态称立枯丝核菌，属半知菌亚门真菌。目前，危害水稻的主要是无性态菌丝，该病菌寄主范围广泛，自然发病的有15科近50种植物，其中重要的寄主作物有水稻、玉米、高粱、小麦、豆类、花生及稗草、莎草、马塘、李氏禾、狗尾草等杂草。病菌形态主要有菌丝和菌核。
水稻纹枯病从苗期至穗期均可发生，一般在分蘖盛期开始发生，拔节期病情发展加快，孕穗期前后是发病高峰，乳熟期病情下降。该病属高温高湿型病害，适宜范围内，湿度越大，发病越重。田间小气候相对湿度为80%时，病害受到抑制，71%以下时病害停止发展；气温18-34℃都可发病，以22-28℃最适，因此，夏秋气温偏高、雨水偏多，有利于病害的发生和发展。田间菌源量与发病初期轻重有密切关系，历年重病区、老稻区、田间越冬菌核量大时，易导致初期发病较多。水稻栽插密度过大，稻田偏施、迟施氮肥，连续灌深水、连年重茬种植，有利于病害发生。
水稻纹枯病是由立枯丝核菌侵染所引起的、发生在水稻上的病害。该病主要发生在叶鞘和叶片上。发病初期，先在近水面的叶鞘上发生椭圆形暗绿色的水渍状病斑，以后逐渐扩大成为云纹状，中部灰白色，潮湿时变为灰绿色。
叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状，边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状，边缘褪黄，发病快时病斑呈污绿色，叶片很快腐烂，茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。湿度大时，病部长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成菌核，菌核深褐色，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层即病菌的担子和担孢子。
水稻纹枯病又称为云纹病，在高温、高湿的条件下容易发病，叶鞘在发病后，靠近水面部位会出现小斑，并逐渐扩大，叶片会人枯死，穗颈无法抽穗。
该病主要发生在叶鞘和叶片上。发病初期，先在近水面的叶鞘上发生椭圆形暗绿色的水渍状病斑，以后逐渐扩大成为云纹状，中部灰白色，潮湿时变为灰绿色。
为害症状。叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，中部呈灰绿或灰褐色，湿度低时中部呈淡黄或灰白色，中部组织破坏呈半透明状，边缘暗褐。发病严重时数个病斑融合形成大病斑，呈不规则状云纹斑，常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状，边缘褪黄，发病快时病斑呈污绿色，叶片很快腐烂，茎秆受害症状似叶片，后期呈黄褐色，易折。穗颈部受害初为污绿色，后变灰褐，常不能抽穗，抽穗的秕谷较多，千粒重下降。湿度大时，病部长出白色网状菌丝，后汇聚成白色菌丝团，形成菌核，菌核深褐色，易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层即病菌的担子和担孢子。