发病初期喷洒68%0精甲霜·锰锌水分散粒剂600倍液，或52.5%恶唑菌酮·霜脲氰水分散粒剂l500倍液，或70%锰锌·乙铝可湿性粉剂500倍液，或66.8%丙森·异丙菌胺可湿性粉剂700倍液，或60%氟吗啉·锰锌可湿性粉剂800倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂1200倍液，隔7～10天1次，连续防治2～3次。
（1）药剂防治：在顶腐病常发区可以采用药剂拌种，减轻幼苗发病，常用药剂有75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂、80%代森锰锌可湿性粉剂，以种子重量的0.4%拌种，或用卫福种衣剂直接拌种。（2）种植抗病品种：品种间抗病性有差异，种植抗病品种能够有效控制顶腐病的发生。
玉米苗期至成株期均会表现出症状，并出现不同程度的矮化;中上部叶片表现失绿、畸形、皱缩或扭曲;边缘组织呈刀削状缺刻，边缘黄化，沿主脉一侧或两侧形成黄化条纹;叶基部腐烂仅存主脉，后期雌穗小或不结实。
玉米苗期中上部叶片表现失绿、畸形、皱缩或扭曲;边缘组织呈刀削状缺刻，边缘黄化，沿主脉一侧或两侧形成黄化条纹;叶基部腐烂。
1、加快铲趟进度，促进玉米秧苗的提质升级。要充分利用晴好天气加快铲趟进度，排湿提温，消灭杂草，以提高秧苗质量，增强抗病能力。2、及时追肥。玉米生育进程进入大喇叭口期，要迅速对玉米进行追施氮肥，尤其对发病较重地块更要做好及早追肥工作。同时，要做好叶面喷施微肥和生长调节剂，促苗早发，补充养分，提高抗逆能力。3、科学合理使用药剂。对发病地块可用广谱杀菌剂进行防治，如50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津加“蓝色晶典”多元微肥型营养调节剂600倍液（每桶水25克）或“壮汉”液肥500倍液均匀喷雾。4、对严重发病难以挽救的地块，要及时做好毁种。
玉米顶腐病的预防及防治方法，肥水管理和化学防控。
玉米顶腐病可用50%多菌灵兑水预防和防治。
玉米顶腐病预防采用种子包衣技术，选择抗病品种，土壤消毒等方法处理。