玉米茎基腐病主要侵染玉米根部及茎基部，病菌自根系侵入，在植株体内蔓延扩展。在苗期剖根或茎基部检查时发现，木质部变褐，严重的初生根、次生根坏死、腐烂，造成根部和茎基部腐烂，引起倒伏或整株枯死。
主要危害中部叶茎和叶鞘，玉米10片叶时，叶梢上出现水渍状腐烂，病组织开始软化，散发出臭味。叶鞘上病斑呈不规则形，边缘浅红褐色，病健组织交界处水渍状尤为明显。湿度大时，病斑向上下迅速扩展，严重时植株常在发病后3-4天后病部以上倒折，溢出黄褐色腐臭菌液。病菌存于土壤中病残体上，自植株的气孔或伤口侵入。高温高湿，害虫为害造成伤口时发病严重。