立枯病的初次侵染主要来自土壤中的菌丝、菌核和担孢子，特别是菌丝和菌核。带菌种子也可传染。这些初侵染的菌源在萌动的棉籽和幼苗根部分泌物的刺激下开始萌发，可以直接侵入或从自然孔口及伤口侵入寄主。
病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬，但收花前遇低温多雨年份棉铃染病时，病菌侵入铃内，造成种子带菌，成为翌年初侵染源。
该病是通过土壤传染。一般早春低温、多雨、连作、土壤粘重、地势盐碱低洼、种子质量差、耕作粗放、早播棉发病重。阴雨低温，气温忽高忽低，寒流侵袭，可大大降低棉苗的抗病力，最容易诱发病害。
棉花立枯病病菌主要营寄生生活，但在土壤中有很强的腐生生活能力，菌丝可在土中自由扩展，并随水扩散。当外界条件不利于菌丝生长时，菌丝体可形成菌核，菌核细胞可萌发多次，繁殖速度快。菌核的存活期长，在土壤中形成的可存活数月至几年。
棉苗立枯菌主要营寄生生活，也可腐生。病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残体上越冬，在土壤中形成的菌核可存活数月至几年。棉苗未出土前，立枯丝核菌可侵染幼根和幼芽，造成烂种和烂芽。
棉苗立枯菌主要营寄生生活，也可腐生。病菌以菌丝体或菌核在土壤中或病残体上越冬，在土壤中形成的菌核可存活数月至几年。棉苗未出土前，立枯丝核菌可侵染幼根和幼芽，造成烂种和烂芽。棉苗立枯菌可抵抗高温、冷冻、干旱等不良环境条件，适应性很强，一般能存活2～3年或更长，但在高温高湿条件下只能存活4～6个月。