番茄溃疡病的防治方法主要以农业防治、生物防治和化学防治为主。首先选用抗病品种，对种子进行处理，合理轮作，深松土壤，苗床处理，清洁田园，科学整枝，加强水肥管理，高温闷棚或土壤处理；再结合化学药剂进行防治。
防治要实行轮作、种植嫁接苗或抗病品种、多施有机肥、合理密植、高畦种植、开沟防渍。发病初期防治用噻菌铜或辛菌喹啉铜，7天一次，连续2-3次。
首先选用抗病品种，对种子进行处理，合理轮作，深松土壤，苗床处理，清洁田园，科学整枝，加强水肥管理，高温闷棚或土壤处理；再结合化学药剂进行防治。
发病初期用14％络氨铜水剂300倍液、硫酸链霉素及72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂4000倍液对水60千克全田喷洒，7天1次，共喷2-3次，注意每次喷药须在晴天下午。病害发生严重时，可用77％可杀得可湿性粉剂300倍液或硫酸链霉素及72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂2000倍液对水60千克灌根，每667平方米约用300千克药液。7天灌根1次，共灌2～3次。
种植番茄要预防溃疡病，应选用抗病品种，将种子消毒后播种，并合理轮作。定植后适当整枝打杈，加强管理。发病初期及时拔除病株，并选用春雷霉素或喹啉铜等药剂进行喷施或者灌根，隔7至10天一次。
调整种植结构，合理轮作倒茬，避免与茄果类蔬菜连作，可与十字花科的甘蓝、大白菜及百合科的大葱、大蒜等实行3年以上轮作，及时除草，避免带露水操作，可降低发病率。建立无病留种地，从无病株采种，避免种子带菌。种子处理：用55℃温水浸种30分钟，或70℃于热灭菌72小时，或硫酸链霉素200毫克／千克浸2小时后冲净，晒干催芽。移栽时尽量减少伤根现象的发生，防止病菌从伤口侵入，发现病株及时拔除，防止整枝打杈等农事操作造成的病害蔓延。
防治药剂有：氧化铜，或中生菌素，或络氨铜，或春雷霉素，或喹啉铜，或琥胶肥酸铜，或噻菌铜，或辛菌胺，噻霉酮，乙蒜素，或噻森铜，或络氨铜，或氯溴异氰尿酸等喷淋或者灌根。以灌根为主，5天一次连用3次。
番茄溃疡病防治方法，选用新苗床育苗，如用旧苗床，需每平方米苗床用40%甲醛30毫升喷洒，盖膜4-5天后揭膜，晾15天后播种。发病初期及时整枝打杈，摘除病叶、老叶，收获后清洁田园，清除病残体，并带出田外深埋或烧毁；与非茄科蔬菜实行3年以上的轮作，以减少田间病菌数量。每亩47%加瑞农可湿性粉剂200-300克，在移栽前2-3天或者盖地膜前地面喷雾消毒，每亩用水量120-200斤水，对病害起到很好的预防作用。