病菌以落入土中菌核或附于种子上的厚垣孢子越冬。翌年菌核萌发产生厚垣孢子，由厚垣孢子再生小孢子及子囊孢子进行初侵染。
病原以厚垣孢子附着在种子表面和落入田间越冬，也可以菌核在土中越冬。第二年菌核萌发产生子座，形成子囊壳，产生子囊孢子，成为主要的初侵染源。厚垣孢子产生分生孢子，子囊孢子和分生孢子借气流传播，开花时萌发，菌丝侵入子房和柱头，并深人胚乳中迅速生长形成孢子座，造成谷粒发病。
此病主要以菌核在土壤越冬，翌年7～8月间萌发形成孢子座，孢子座上产生多个子囊壳，其内产生大量子囊孢子和分生孢子；也可以厚垣孢子附在种子上越冬，条件时宜时萌发形成分生孢子。孢子借助气流传播散落，在水稻破口期侵害花器和幼器，造成谷粒发病。