防治方法：播种前使用种衣剂拌种。发病初期喷洒或浇灌25%甲霜灵800倍液或2.5%咯菌腈1000倍液。
大豆种子包衣拌种。大豆包衣拌种是预防大豆根腐病的关键措施，事实证明，凡是经过拌种处理过的大豆，根腐病发生率大大降低。大豆拌种药剂有苯醚甲环唑·咯菌腈·噻虫嗪、精甲霜灵·咯菌腈、精甲霜灵·咯菌腈·嘧菌酯。杀菌剂治疗。对于已经发生根腐病的大豆可用杀菌剂防治，具体药剂有镰刀菌、腐霉菌和疫霉菌三种，推荐防治配方：克菌丹+甲霜恶霉灵、枯草芽孢杆菌+甲霜恶霉灵、申嗪霉素+克菌丹、噻呋酰胺+枯草芽孢杆菌、或用乙酸铜拌进行撒施。