辣椒炭疽病的病原是辣椒刺盘孢和果腐刺盘孢，属于半知菌的真菌.病菌以分生孢子附于种子表面或以菌丝潜伏在种子内越冬,播种带菌种子便能引起幼苗发病;病菌还能以菌丝或分生孢子盘随病残体在土壤中越冬,成为下一季发病的初侵染菌源.越冬后长I斗I的分生孢子通过风雨溅散,昆虫或淋水而传播,条件适宜时分生孢子萌发长出芽管,从寄主表皮的伤口侵入.初侵染发病后又长大量新的分生孢子,传播后可频频进行再侵染。
中国上海及长江中下游地区辣椒炭疽病的主要发病盛期在5-9月。年度间梅雨期间高温多雨、夏季高温多雷阵雨的年份发病重；田块间地势低洼、排水不良的田块发病重；栽培上种植过密、通风不良、施肥不当或偏施氮肥的田块发病重。品种差：线辣椒比甜辣椒抗病差，品种湿杂、退化、也是病害流行的重要原因。管理不当：栽植密度大、灌水过多，肥料不足或偏施氮肥、排水不良、通风透光差、保护地内高温多湿，可以加快病害的流行。重茬种植：连年种植，病原积累快，基数高，一旦条件适宜，病害就会迅速扩展、蔓延。清除病叶、病果、残体不彻底，病菌通过风、雨不断向外传播，即使新茬，但只要病原存在、条件适宜即可造成病害爆发、流行。