小麦赤霉病是一种气候型病害，其发生流行主要与小麦生育期、气候条件、菌源等因素有关。病菌以菌丝体或子囊壳在麦桩、麦秆、玉米穗、甘薯等作物残体上越冬越夏，春季气温适宜时产生子囊壳，成熟后释放子囊孢子，随风雨传播到扬花的麦穗上引起发病。小麦生长的各个阶段都能受害，苗期侵染引起苗腐，中后期侵染引起秆腐和穗腐，以穗腐危害性最大。
小麦赤霉病流行规律主要取决于气候条件、菌源数量和感病期及其吻合程度，其中气候条件是决定流行与否的主导因素。春季气温7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊壳，气温高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空气潮湿的情况下，子囊孢子成熟并散落在花药上，经花丝侵染小穗发病。迟熟、颖壳较厚、不耐肥品种发病较重；田间病残体菌量大发病重；地势低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田间郁闭发病重。
小麦赤霉病开始在个别的小穗上发病，然后沿着主穗轴上下扩展，一直到邻近的小穗。病部褐色或者枯黄色，潮湿时可产生粉红色的霉层，空气干燥时病部和病部以上枯死，形成白穗。小麦赤霉病的主要危害是形成枯白穗，严重时损失可达30%~50%，并影响小麦品质。
在中国南方冬麦区，如长必江中、下游冬麦区，川滇冬麦区和华南冬麦区等地经常流行为害；东北三江平原春麦区在多雨年份也可流行成灾。一般大流行年病穗率达50-100%，产量损失10-20%，中等发生年病穗率30-50%，产量损失5-10%。