苗期、成株期均可发病，主要为害棉苗和棉铃。种子发芽后出苗前受害可造成烂种；出苗后茎基部发生红褐色绷裂条斑，扩展缢缩造成幼苗死亡。子叶边缘出现圆或半圆形黄褐斑，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。茎部病斑红褐至暗黑色，长圆形，中央凹陷，表皮破裂常露出木质部，遇风易折。真叶上的病斑圆形，中间灰褐色，外缘像紫褐色。棉铃染病初期呈暗红色小点，扩展后呈褐色病斑，病部凹陷。潮湿时，在病斑中央产生橘红色略带轮纹和粘结的分生孢子团。病斑可相互连接，扩大到全铃。铃内未成熟的纤维部分或全部腐烂，成为暗黄色的僵瓣。
棉花炭疽病在棉花苗期、成株期都会发病，主要为害棉苗和棉铃。种子发芽后出苗前受害可造成烂种；出苗后茎基部发生红褐色绷裂条斑，扩展缢缩造成幼苗死亡。子叶边缘出现圆或半圆形黄褐斑，后干燥脱落使子叶边缘残缺不全。茎部病斑红褐至暗黑色，长圆形，中央凹陷，表皮破裂常露出木质部，遇风易折。真叶上的病斑圆形，中间灰褐色，外缘像紫褐色。棉铃染病初期呈暗红色小点，扩展后呈褐色病斑，病部凹陷。潮湿时，在病斑中央产生橘红色略带轮纹和粘结的分生孢子团。病斑可相互连接，扩大到全铃。铃内未成熟的纤维部分或全部腐烂，成为暗黄色的僵瓣。