该病主要发生在作物根部的伤口。病菌侵入作物后进入维管束，并通过增殖堵塞输导系统，使水分不能进入茎叶而引起青枯。辣椒青枯病初期症状表现为最幼嫩的1至几片叶萎蔫，最初萎蔫尚可恢复，以后趋于稳定。条件合适时，2-3天即可表现为全株萎蔫。叶片从下向上变黄退绿，后期叶片呈褐色焦枯。在气温偏低，空气湿度较大，或品种比较抗病时，植株茎上常产生不定根和气生根。病茎剖面，初期导管呈黄色或淡褐色，以后逐渐变成深褐色，植株完全萎蔫时，髓部和皮层组织也变褐色，严重时茎的外表皮形成水渍状病斑或粗糙不平。横剖开茎，可见污白色至黄白色菌脓从维管组织中溢出。果实被害，表面正常，内部组织变褐色，后期病果呈水渍状，果柄基部产生离层，病果易脱落。植株根部可表现为局部或整个根系均变褐色。
