棉花枯萎病从苗期开始发病，且发病症状最为明显，常表现为多样化，根据受害时期和严重程度，常见的症状类型有5种：1。黄化型子叶或真叶从叶缘或顶部开始变色，局部甚至整个叶片变黄，但不出现黄白色网纹，最终叶片调萎脱落。2。黄色网纹型棉苗出±约20天后，子叶和真叶的叶脉摧绿，变成黄白色，而叶肉部分保持绿色。叶片局部或全部呈现纵横交错的黄白色网纹状。叶脉变色多由叶缘和顶部开始，后向内逐渐扩展，形成块斑，有时可扩至整个棉株，自症状出现至棉苗枯死，一般需要15~20天。
棉花枯萎病在苗期和成株期可表现出多种明显不同的症状，各生育期症状的共同特点是维管束出现深褐色条纹，但以定苗后至现蕾阶段发病最盛，随着夏季温度的升高，病势发展稍趋缓和，症状出现隐蔽现象，至秋季多雨，气温下降，再度出现发病高峰。
棉花枯萎病在苗期和成株期可表现出多种明显不同的症状，各生育期症状的共同特点是维管束出现深褐色条纹，但以定苗后至现蕾阶段发病最盛，随着夏季温度的升高，病势发展稍趋缓和，症状出现隐蔽现象，至秋季多雨，气温下降，再度出现发病高峰，但较第一个发病高峰不明显，且有的年份出现，有的年份不出现。幼苗期为发病高峰期，棉苗在大田中，遇气温较低时，病株会出现紫红型或黄化型，而在气温急骤变化的条件下，如雨后迅速转晴、变暖、日照暴晒强烈，则容易出现青枯型的病株。