苗期至成株期均可发病，以距地面5-30厘米发病最多，瓜被害脐部形成水浸状病斑，软腐，表面长满棉絮状菌丝体。茎部被害，开始产生退色水浸状病斑，逐渐扩大呈淡褐色，病茎软腐；长出白色棉絮状菌丝体，茎表皮和髓腔内形成坚硬菌核，植株枯萎。幼苗发病时在近地面幼茎基部出现水浸状病斑，很快病斑绕茎一周，幼苗猝倒。一定湿度和温度下，病部先生成白色菌核，老熟后为黑色鼠粪状颗粒。
植株被侵入后，最初在靠近地面茎部产生褐色水渍状斑，后病斑逐渐扩大呈淡褐色，病茎软腐，迅速扩展至叶柄、叶片、幼果等部位，在受害处产生大量白色菌丝，最后在密集菌丝体上长出黑色鼠粪状菌核。
黄瓜菌核病主要危害茎基部和果实，也能危害茎蔓和叶，在黄瓜苗期至成株期均可发生。茎染病，发病部位主要在茎基部和茎分杈处，发病初始产生水浸状斑，扩大后呈淡褐色，病茎软腐纵裂，病部以上茎蔓和叶凋萎枯死。湿度高时病部长出一层白色棉絮状菌丝体，受害后茎秆内髓部受破坏，发病末期腐烂而中空，剥开可见白色菌丝体和黑色菌核。菌核鼠粪状，呈圆形或不规则形，早期白色，以后外部变为黑色，内部白色。果实染病，发病初始在幼果脐部呈水浸状腐烂，果表长白色棉絮状菌丝并形成黑色粒状菌核。叶片染病，初呈水浸状斑，扩大后呈灰褐色近圆形大斑，边缘不明显，病部软腐，并产生白色棉絮状菌丝，发病严重时产生黑色鼠粪状菌核。