灰霉病棚室种植病重。适当增施磷钾肥，提高植株抗病能力。采用滴灌、膜下暗灌技术，防止大水漫灌。发病初期及时摘除残留花瓣及柱头，清除病叶、病果，拔除病株，防止病害蔓延。药剂防治：烟剂熏蒸、粉尘法防治病虫，同常规喷雾相比具有不增加棚内湿度、减轻劳动强度、节省农药等优点，根据具体情况可选用不同的施药方法。
病毒病又被称为植物的“癌症”，一旦传入，就很难彻底根除，防治非常困难，因此防治病毒病要以预防为主。建议种植辣椒要适期早播，不要连作，多施磷、钾肥，勿偏施氮肥。清洁田园，减少菌源，将前茬作物带出田间，集中处理，挖坑深埋。蚜虫是病毒病的传播源，杀死蚜虫是最好的预防。辣椒病毒病防治选择抗病品种，加强田间虫害防治。