种子消毒，土壤消毒，药剂防治用百菌清，多菌灵，甲基托布津交替使用。
马铃薯粉痂病，在齐苗期幼薯开始发生时至幼薯膨大期，用1500~2000倍50%氟啶胺悬浮剂，或600倍78%波尔.锰锌可湿性粉剂，或600倍40%菌核净水乳剂灌淋根部，用500~600倍36%甲基硫菌灵悬浮剂，或600倍50%多菌灵可湿性粉剂，或1500倍50%苯菌灵可湿性粉剂喷洒叶面进行防治。每7~10天一次，连续3~5次，即可控制发病。
马铃薯粉痂病为土传病害，主要与土壤理化性质、品种抗性以及土壤中菌量多少等因素有关，应通过改善土壤理化性质、增施有机肥提高土壤养分、种植抗病品种、加强田间管理以及合理使用化学药剂进行土壤处理，综合控制马铃薯粉痂病的发生。
选留无病种薯，把好收获、贮藏、播种关，剔除病薯，必要时可用2%盐酸溶液或40%福尔马林200倍液浸种5分钟，或用40%福尔马林200倍液将种薯浸湿。再用塑料布盖严闷2小时，晾干播种。多施石灰或草木灰，改变土壤pH值，加强田间管理。