首先选择适合当地的抗根腐病品种，其次施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟的有机肥，然后在麦收后进行耕翻灭茬，同时与马铃薯、油菜等进行轮作。另外，适时播种也是很重要的。
防治措施：采取以种植抗病品种和栽培防病为主，辅以药剂防治的综合措施。（1）选用抗病品种，避免种植感病品种。（2）加强栽培管理。控制苗期根腐病的关键是麦田不能连作，可与亚麻、马铃薯、油菜及豆科植物等作物轮作换茬。（3）药剂浸种。用退菌特，浸种24〜36小时，防效在80%以上。（4）喷药防治。第一次，在小麦扬花期喷洒丙环唑或福美双可湿性粉剂。第二次，在小麦灌浆期至乳熟初期喷洒福美双，间隔15天。
首先要选择抗根腐病的品种，其次施用有机肥。