浸染循环病菌以分生孢子或菌丝体在病稻草、病稻谷上越冬，是第二年病害初次浸染的主要来源。寒地稻作区由于早春温度低，在田间不发生苗瘟，因此，初次浸染的主要来源来自露天堆放的病稻草。当气温上升到15℃以上，湿度又适合时，就能不断产生分生孢子。孢子通过风、雨传播引起稻苗发病。黑龙江省稻田叶瘟始见期一般在7月上旬，盛期7月下旬，以后随着叶片的老化而增强抗病力，叶瘟发展逐渐停止。7月末至8月上旬水稻抽穗，病菌孢子又侵入稻穗和稻粒，节瘟、穗颈瘟始见期为8月上旬，盛期在8月中下旬，一直延续到黄熟期停止蔓延。近几年枝梗瘟危害较重，其危害可延续到收获期。
病菌以菌丝体和分生孢子在病稻草、局部地区的稻桩、病谷上越冬，是翌年发病的初次侵染源，其中病稻草是主要的。播种带菌种子易引起苗瘟和苗叶瘟。病草除散布越冬分生孢子外，至育秧期间，天气转暖，如遇雨淋，病部能不断产生孢子可持续20余天，特别是堆放在秧田或该田附近的病稻草，常常是引起周围秧苗或成株发病的初次侵染菌源。秧田和该田发病稻株，病部产生的孢子都可引起再侵染。