水稻基腐病主要危害的是茎基部以及根节部，早稻在移栽后就开始感染，高峰期在抽穗期的时候。晚稻的高峰期在孕穗期的时候。栽培的时候就要选抗病能力强的品种。管理期间适当增施有机肥，提高抗病能力。
严重的病株心叶青卷，后枯黄，像螟虫为害枯心苗状，之后病株根节部变黑腐烂，易拔断，有恶臭，甚至叶片自上而下一次枯黄，甚至全株枯黄。
通常在近土表茎基部叶鞘上产生水渍状椭圆或长梭形病斑，后渐向上扩展成边缘褐色、中间枯白色的不规则形大斑，剥去叶鞘可见根节部变黑褐，有时可见深褐色纵条，根节腐烂，伴有恶臭，严重的病株心叶青卷，随后枯黄，酷似螟虫危害造成枯心苗。拔节期发病，叶片自下而上变黄，近水面叶鞘边缘褐色，中间灰色长条形斑，根节变色伴有恶臭。穗期发病病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根节变色有短而少的侧生根，有恶臭味。其独特症状是病株根节变为褐色或深褐色腐烂。
水稻分蘖期发病常在近土表茎基部叶鞘上产生水浸状椭圆形斑，渐扩展为边缘褐色、中间枯白的不规则形大斑，剥去叶鞘可见根节部变黑褐，有时可见深褐色纵条，根节腐烂，伴有恶臭，植株心叶青枯变黄。拔节期发病叶片自下而上变黄，近水面叶鞘边缘褐色，中间灰色长条形斑，根节变色伴有恶臭。穗期发病病株先失水青枯，后形成枯孕穗、白穗或半白穗，根节变色有短而少的侧生根，有恶臭味。
水稻细菌性基腐病的独特症状是病株根节部变为褐色或深褐色腐烂。别于细菌性褐条病心腐型、白叶枯病急性凋萎型及螟害枯心苗等。水稻细菌性基腐病常与小球菌核病、恶苗病、还原性物质中毒等同时发生；也有在基腐病株枯死后，恶苗病菌、小球菌核病菌等腐生其上。水稻细菌性基腐病主要通过水稻根部和茎基部的伤口侵入。
主要特征为水稻根节部和茎基部变褐，并逐渐发黑腐烂，易拔起，有恶臭。分蘖期发生，先心叶青卷、枯黄，似螟害枯心苗，随后茎基部进一步发黑腐烂，全株叶片自上而下褪绿枯黄，直至整株枯死。