病菌主要以分生孢子或菌丝体在种子上越冬，播种后，病菌随着种子萌发而繁殖，引起苗枯；以后在病株和枯死株表面产生的分生孢子，借风雨传播。在水稻开花时，分生孢子落到花蕊上，萌发侵入，又使种子带病，病菌易从伤口侵入，播种受机械损伤的稻种，或秧苗根部受伤重的，发病就重，旱育秧发病常比水育秧重。
土温30～35℃时易发病，伤口有利于病菌侵入；旱育秧较水育秧发病重；增施氮肥刺激病害发展。施用未腐熟有机肥发病重。一般籼稻较粳稻发病重。糯稻发病轻。晚播发病重于早稻。
恶苗病一般在土温25℃时最适合发病，土温低于20℃或高于40℃都不表现症状，所以，南方稻区旱育秧恶苗病较水育秧严重，主要是由于旱育秧育苗时，采取覆膜处理，使土温在35℃左右，最适合恶苗病的发生。播种带菌稻种，采用病草盖种、盖秧和扎秧，种子有伤口，移栽秧苗根部受损伤，适宜于病菌的发育和侵入，病害常较重。
水稻恶苗病主要是受恶苗病毒感染，但与品种抗性有关，主要是把好种子浸种消毒灭，浸种用咪鲜胺严格毒，苗后发现可用恶苗灵连续2次喷施来冶。
恶苗病一般在土温25℃时最适合发病，土温低于20℃或高于40℃都不表现症状，所以，南方稻区旱育秧恶苗病较水育秧严重，主要是由于旱育秧育苗时，采取覆膜处理，使土温在35℃左右，最适合恶苗病的发生。播种带菌稻种，采用病草盖种、盖秧和扎秧，种子有伤口，移栽秧苗根部受损伤，杂交稻威优系统组合等抗病性弱等均适宜于病菌的发育和侵入，病害常较重。