韭菜病毒病的病毒主要在韭菜根部越冬，春季韭菜发芽或生长时，病毒扩展到地面的叶片中，开始显症。病毒可在割韭菜时通过割刀进行汁液接触传播蔓延，引起该病迅速扩展；还可通过葱蚜、桃蚜等传播媒介进行远距离传播。
由鞭毛菌亚门疫霉属真菌浸染引起。以卵孢子在土壤中病残体上越冬，翌年条件适宜时，产生孢子囊和游动孢子，浸染寄主后发病。湿度大时，又由病部长出孢子囊，借风雨、流水传播蔓延，进行再浸染，地势低洼、田间积水利于发病。
病菌主要以菌丝体、卵孢子及厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，翌年条件适宜时，产生孢子囊和游动孢子，借风雨或水流传播，萌发后以芽管的方式直接侵入寄主表皮。发病后湿度大时，又在病部产生孢子囊，借风雨传播蔓延，进行重复侵染。病菌喜高温、高湿环境，发病最适气候条件为温度25～32℃，相对湿度90%以上。