插秧15～30天后，植株下部叶片上沿主脉出现失绿条纹，萎缩不发棵，叶片上出现棕色锈状斑点，呈圆形或卵圆形，严重时，叶中脉变白色。新抽出的叶片基部失绿、根色，继而全部失绿。稻株顶端受抑制，中部叶片出现棕色斑点，逐渐形成棕色条纹，叶尖向下变褐焦枯。水稻缺锌后，植株矮小，不分蘖或少分蘖，生长参差不齐，出叶周期延长，叶尖向内卷曲，老叶不垂，根系矮小，发育迟缓，生长势不旺，叶片周围呈桔黄色，容易“坐蔸”。成熟期延迟，使产量大幅度下降。
缺锌的稻苗，先在下叶中脉区出现褪绿黄化状，并产生红褐色斑点和不规则斑块，后逐渐扩大呈红褐色条状，自叶尖向下变红褐色干枯，一般自下叶向上叶依次出现。病株出叶速度缓慢，新叶短而窄，叶色褪淡，尤其是基部叶脉附近褪成黄白色。重病株叶枕距离缩短或错位，明显矮化丛生，很少分蘖，田间生长参差不齐。根系老朽，呈褐色，迟熟，造成严重减产。