菠菜的主要病害包括菠菜猝倒病、菠菜心腐病、菠菜霜霉病和菠菜病毒病。在栽培过程中，需防治双霉菌病，并加强水肥管理。主要虫害有银纹夜蛾等。常见的病虫害有白斑病、枯萎病、霜霉病、根腐病、红蜘蛛、白粉虱和菜青虫等。
