烟农俗称“黑根”、“黑秆疯”。多发生于成株期，少数苗床期发生。幼苗染病，茎基部出现污黑色病斑，或从底叶发病沿叶柄蔓延至幼茎，引致幼苗猝倒。湿度大时病部长满白色菌丝，幼苗成片死亡。茎秆染病，茎基部初呈水渍状黑斑，后向上下及髓部扩展，绕茎一周时，植株萎蔫死亡。纵剖病茎，可见髓部黑褐色坏死并干缩呈“笋节”状，“节”间长满白色絮状菌丝。叶片染病，初为水渍状暗绿色小斑，后扩大为中央黄褐色坏死、边缘不清晰隐约有轮纹呈“膏药”状黑斑。潮湿条件表面也生白色绒毛状物。
苗期先在茎基形成黑斑或先从底叶发病，然后扩展到茎上。苗床湿度大时，黑斑很快沿茎向上扩展，造成全株腐烂，病部布满白毛菌丝和孢子囊，并迅速传染给附近烟苗，造成叶片死亡，大田烟株是病菌侵染的主要对象。带菌的土壤、粪肥及灌溉水是烟草黑胫病的主要初侵染源，其次为带病烟苗，其产生的孢子囊和游动孢子借雨水或灌溉水传播，可引起再浸染。烟草黑胫病菌主要集中在土表。烟草黑胫病以土传为主，风雨、流水、灌溉水、粪肥、痫土、病苗、农事操作等都是其传播途径。
主要造成茎基部出现黒色病斑，导致幼苗猝倒。