病菌厚垣孢子平时在土壤中腐生或在病残体上存活越冬，经-6～15℃冷冻后才能萌发。翌春土温16～20℃，根系生长不快，抗性也弱，利于该菌侵入。病菌孢子萌发后，芽管伸长，产生附着胞，从棉株根毛表皮层侵入，以菌丝体在皮层内扩展，同时吸取营养，但不进入导管。
棉黑根腐病产生内生分生孢子和厚垣孢子两种孢子。内生分生孢子短杆状，两端稍圆，各有一个油球，单胞，有时呈链状。(厚垣孢子单生或簇生于菌丝顶端或侧方，由l～8个深色厚垣孢子组成链，基部有l～3个浅色薄膜细胞，成为棍棒状。
病菌厚垣孢子平时在土壤中腐生或在病残体上存活越冬，经-6～15℃冷冻后才能萌发。翌春土温16～20℃，根系生长不快，抗性也弱，利于该菌侵入。病菌孢子萌发后，芽管伸长，产生附着胞，从棉株根毛表皮层侵入，以菌丝体在皮层内扩展，同时吸取营养，但不进入导管。
棉黑根腐病产生内生分生孢子和厚垣孢子两种孢子。内生分生孢子短杆状，两端稍圆，各有一个油球，单胞，有时呈链状。(厚垣孢子单生或簇生于菌丝顶端或侧方，由l～8个深色厚垣孢子组成链，基部有l～3个浅色薄膜细胞，成为棍棒状。